Recientemente en Wikipedia he encontrado una completa lista de software open source (en inglés). No hacen distinciones entre los sitemas operativos más conocidos (Linux, Windows y Mac OS X), lo cual lleva un poquito al caos, pero no obstante sí ordenan la lista por categorías.
Conviene tener estas referencias siempre a mano cuando busquemos un determinado programa que nos haga falta ;)
Yo encontré una web muy bien hecha para este propósito: alts.homelinux.net